Новообраний великий магістр Готард Кетлер у 1561 р. зустрівся у Вільні з Сигізмундом Августом і віддав йому Ліфляндію. Орден було розпущено. Кетлер став князем-данником Курляндії та Семигалії. Решта територій Ліфляндії спочатку були включені до складу Литви, а з 1569 р. вони мали спільно підпорядковуватися Речі Посполитій.
Під перемир'ям у Ямі Запольських Іван він повернув Баторію Лівонію і визнав його владу в Полоцькому воєводстві. Мешканці Лівонії незабаром насолоджувалися відносним миром. Вже на початку XVII століття північний кордон Речі Посполитої став ареною боїв зі Швецією.
Лівонія стала третьою складовою Речі Посполитої, поряд із Короною Польським і Великим князівством Литовським, і перебувала у спільному володінні. Польщі та Литви.
Непорозуміння між Польщею та Швецією тривали тривалий час і мали різні причини. Найважливішими причинами конфліктів були суперечка про панування над Балтійським морем і те, що спадкоємцем шведського престолу був король Польщі Сигізмунд III Ваза.
Під час правління короля Стефана Баторія Швеція і Польща спільними силами позбавили Москву доступу Балтійське море. Річ Посполита взяла під свій контроль Ліфляндію, а Швеція — Естонію. У 1587 році Сигізмунда Вазу було обрано королем Польщі.
7 квітня 1656 року відбулася битва під Варкою. Польські війська під командуванням Стефана Чарнецького та Єжи Себастьяна Любомирського розбив шведські війська.