В 11 серії другого сезону ми дізнаємося, що Кусанагі зазнала повної кіберизації через важкі травми, які вона отримала після авіакатастрофи коли їй було всього шість років. Вижили лише вона та молодий хлопець.
Однак, коли все залагоджується, Бату купує на чорному ринку тіло дитини-кіборга і вкладає в нього свій мозок. Вона йде і на деякий час зникає, а в другому фільмі (Привид в обладунках 2: Невинність) здається, що Майор справді проводив багато часу як певна сутність у мережі.
Кілліан обіцяє зберегти спогади Кузе та Хідео, коли той вмирає від поранень, перш ніж снайпер Ханки його добиє. Сектор 9 рятує Кілліана, і Арамакі вбиває Каттера з її благословення. Наступного дня її поправили, і вона приймає свою справжню ідентичність Мотоко Кусанагі, примиряючись зі своєю матір’ю.
Снайпери з Секції 6 наближаються до будівлі, маючи намір знищити мізки Ляльковода та Кусанагі, щоб приховати Проект 2501. Оболонка Ляльковода знищена, але Бату вчасно закриває голову Кусанагі, щоб врятувати її мозок.
Я намагався зобразити цю зрілість в її характері замість оригінальної дівчини, створеної Масамуне Широу". Майже в усіх портретах Кусанагі зображена як саморобна жінка. Вона надзвичайно незалежний і здібний лідер, який неодноразово доводив себе під критикою.
Це основа екзистенційного страху Кусанагі, незалежно від того, чи вона все ще має свою людську душу чи привида, навіть після серйозних кібернетичних операцій, той факт, що Кусанагі володіє лише своєю людиною