Колірна схема структури RasMol забарвлює молекулу за вторинною структурою білка. Альфа-спіралі забарвлені в пурпуровий колір [240,0,128], бета-листки забарвлені в жовтий колір [255,255,0], витки забарвлені в блідо-блакитний колір [96,128,255], а всі інші залишки пофарбовані в білий колір..
Колірна схема «заряду» RasMol кодує колір кожного атома відповідно до значення заряду, що зберігається у вхідному файлі (або полі бета-фактора файлів PDB). Високі значення забарвлені синім кольором (позитивні), а нижчі значення забарвлені червоним (негативні).
Колір фону дисплея можна змінити зі стандартного (чорного) на вибраний колір введення кольору фону в запиті Rasmol> у вікні командного рядка.
Синій позначає кислі амінокислоти, червоний – дрібні та гідрофобні. Амінокислоти з однобуквеним кодом R, H і K пофарбовані в пурпурний колір, тоді як зелений використовується для S, T, Y, H, C, N, G і Q.
Для кольорів переднього плану та фону підтримується будь-який шістнадцятковий колір. Крім того, підтримуються такі названі кольори: чорний, червоний, зелений, жовтий, синій, пурпуровий, блакитний, білий, сірий, яскраво-червоний, яскраво-зелений, яскраво-жовтий, яскраво-блакитний, яскраво-пурпуровий, яскраво-блакитний і яскраво-білий .
Існує три основних типи колірних схем: послідовний, розбіжний і якісний. Популярним інструментом для вибору колірних схем на картах є ColorBrewer, розроблений доктором Синтією А.